车间、设备的清洗目的主要在于控制微生物。车间的清洗是在作业完毕后或在一定的空隙时间进行，一般是利用喷射热水或高压水等连续灭菌。对于加工乳制品的设备来说，在机械或管道中会生成有机或无机钙盐，从而影响导热或发生腐蚀，如有此类现象发生，最好根据机器或管道的材质进行酸洗除去这类盐类。
在乳制品或肉类制品工厂内有采用极度灭菌生产方式的，但这往往是采用CIP方式。所谓CIP是CleaninPlace(就地清扫)的缩写，这时，生产线上必须时刻保持无菌状态。
如果每天作业完毕后的清洗不够彻底，那么到第二天开始作业前的一段时间内，生产线上就会繁殖微生物，新加工品就要受到微生物的污染。为了防止此种情况的发生，必要时可以在生产线上直接与清洗剂，水蒸气和高温水等的供给设备连接，只要扭动阀门就能自动注入生产线内，可收到迅速简单清洗，灭菌的效果。